public class UpdateUsingCheckboxC {
    
    @AuraEnabled
    public static List <Contact> fetchContact() {
        return [SELECT Id, FirstName, LastName, Phone FROM Contact Limit 10];
    }
    
    @AuraEnabled
    public static void updateRecord(List <String> lstRecordId) {
        List<Contact> lstUpdate = new List<Contact>();
        for(Contact con : [SELECT Id, FirstName, LastName, Phone FROM Contact WHERE Id IN : lstRecordId]){
            con.Phone = '999999'; // Add fields which you want to update
            lstUpdate.add(con);
        }
        
        if(lstUpdate.size() > 0){
            update lstUpdate;
        }
        
    }
}

<aura:component controller="UpdateUsingCheckboxC"
                implements="force:appHostable,flexipage:availableForAllPageTypes,flexipage:availableForRecordHome,force:hasRecordId,forceCommunity:availableForAllPageTypes,force:lightningQuickAction" access="global" >
    
    <aura:attribute name="ContactList" type="List" />
    
    <aura:handler name="init" value="{!this}" action="{!c.loadContacts}"/>
    <aura:handler event="force:refreshView" action="{!c.loadContacts}" />
    
    <div class="slds-grid slds-grid--align-end"> 
        <button class="slds-button slds-button--brand" onclick="{!c.updateFields}">Update</button>
    </div>
    
    
    <table class="slds-table slds-table--bordered slds-table--cell-buffer">
        <thead>
            <tr class="slds-text-title--caps">
                <th style="width:3.25rem;" class="slds-text-align--right">
                    <div class="slds-form-element">
                        <div class="slds-form-element__control">
                            <label class="slds-checkbox">
                                <!--header checkbox for select all-->
                                <ui:inputCheckbox aura:id="box3" change="{!c.selectAll}"/>
                                <span class="slds-checkbox--faux"></span>
                                <span class="slds-form-element__label text"></span>
                            </label>
                        </div>
                    </div>
                </th>
                <th>
                    <span class="slds-truncate">FirstName</span>      
                </th>
                <th>
                    <span class="slds-truncate">LastName</span>
                </th>
                <th>       
                    <span class="slds-truncate">Phone</span>
                </th>
            </tr>
        </thead>
        
        <tbody>
            <aura:iteration items="{!v.ContactList}" var="con">
                <tr>
                    <td scope="row" class="slds-text-align--right" style="width:3.25rem;">
                        <div class="slds-form-element">
                            <div class="slds-form-element__control">
                                <label class="slds-checkbox">
                                    <ui:inputCheckbox text="{!con.Id}" aura:id="boxPack" value=""/>
                                    <span class="slds-checkbox--faux"></span>
                                    <span class="slds-form-element__label text"></span>
                                </label>
                            </div>
                        </div>
                    </td>
                    <td scope="row">
                        <div class="slds-truncate" title="{!con.FirstName}"><a>{!con.FirstName}</a></div>
                    </td>
                    <td scope="row">
                        <div class="slds-truncate" title="{!con.LastName}">{!con.LastName}</div>
                    </td>
                    <td scope="row">
                        <div class="slds-truncate" title="{!con.Phone}">{!con.Phone}</div>
                    </td>
                </tr>
            </aura:iteration>
        </tbody>
    </table>
</aura:component>

({
    loadContacts: function(component, event, helper) {
        var action = component.get('c.fetchContact');
        action.setCallback(this, function(response) {
            var state = response.getState();
            if (state === "SUCCESS") {
                component.set('v.ContactList', response.getReturnValue());
                component.find("box3").set("v.value", false);
            }
        });
        $A.enqueueAction(action);
    },
    
    selectAll: function(component, event, helper) {
        var selectedHeaderCheck = event.getSource().get("v.value");
        var getAllId = component.find("boxPack"); 
        if(! Array.isArray(getAllId)){
            if(selectedHeaderCheck == true){ 
                component.find("boxPack").set("v.value", true);    
            }else{
                component.find("boxPack").set("v.value", false);
            }
        }else{
            // check if select all (header checkbox) is true then true all checkboxes on table in a for loop  
            // and set the all selected checkbox length in selectedCount attribute.
            // if value is false then make all checkboxes false in else part with play for loop 
            // and select count as 0
            if (selectedHeaderCheck == true) {
                for (var i = 0; i < getAllId.length; i++) {
                    component.find("boxPack")[i].set("v.value", true);
                }
            } else {
                for (var i = 0; i < getAllId.length; i++) {
                    component.find("boxPack")[i].set("v.value", false);
                }
            } 
        }  
    },
    
    updateFields: function(component, event, helper) {
        var updateId = [];
        var getAllId = component.find("boxPack");
        
        if(! Array.isArray(getAllId)){
            if (getAllId.get("v.value") == true) {
                updateId.push(getAllId.get("v.text"));
            }
        }else{
            
            for (var i = 0; i < getAllId.length; i++) {
                if (getAllId[i].get("v.value") == true) {
                    updateId.push(getAllId[i].get("v.text"));
                }
            }
        } 
        
        var action = component.get('c.updateRecord');
        action.setParams({
            "lstRecordId": updateId
        });
        action.setCallback(this, function(response) {
            
            var state = response.getState();
            if (state === "SUCCESS") {
                console.log(state);
                $A.get('e.force:refreshView').fire();
            }
        });
        $A.enqueueAction(action);
    },
    
})

<aura:application extends="force:slds">
    <c:UpdateUsingCheckbox/>
</aura:application>