This trigger action(insert) will be excuted in 2 conditions, like while insertion and updation.   

   a. If this is first time(Insert), then you can proceed with what you are trying to do. 

   b. If it is Update action, you will be having 12 old records and now again you are trying to insert the 12 records, instead of updating the old once. because of this reasion you were getting 24 instead 12 records.  differetiate with Trigger.Isinsert() and trigger.Isupdate() methods seperately.  

try this code. 

trigger CreateBilling on Contratacao__c (after update, after insert) {
	
		trigger.Isinsert(){
			List<Faturamento__c> lst = new List<Faturamento__c>();
			 for (Contratacao__c contract : Trigger.new) {       
			      string dia_venc = contract.Vencimento__c;         
				  integer boleto = 0;
				  date  hoje = date.today();
				  string mes_venc = String.valueOf(hoje.month());
				  string ano_venc = String.valueOf(hoje.year());
				  string format_data =  dia_venc + '/' + mes_venc + '/'+ ano_venc;
				  date data_venc = date.parse(format_data); 
				  
				while (boleto < 12) {   
				 boleto ++;   
				 data_venc = data_venc.addMonths(1);    
				 Contratacao__c[] Contratos = Trigger.new;
				 if (Contratos[0].Status_do_Contrato__c == 'Emitir Boletos') 
				    { 
				      Faturamento__c Billing = new Faturamento__c ( 
				       												Contrato__c = Contratos[0].id, 
				       												F__c = Contratos[0].Total_do_Contrato__c, 
				       												V__c = data_venc
				       											); 
				      
				      lst.add(Billing); 
				      			      
				     }
				 }
				 
				  if(!lst.isEmpty())
				 	insert lst; 
			}
			
		}
		trigger.Isupdate(){			
			Map<Id, Faturamento__c> mapExisting = new Map<Id, Faturamento__c>([select id,name,Contrato__c,F__c,V__c from Faturamento__c where 'your condition to get the existing records']);
			List<Faturamento__c> lst = new List<Faturamento__c>();
			for (Contratacao__c contract : Trigger.old) {       
			      string dia_venc = contract.Vencimento__c;         
				  integer boleto = 0;
				  date  hoje = date.today();
				  string mes_venc = String.valueOf(hoje.month());
				  string ano_venc = String.valueOf(hoje.year());
				  string format_data =  dia_venc + '/' + mes_venc + '/'+ ano_venc;
				  date data_venc = date.parse(format_data); 
				  
				while (boleto < 12) {   
				 boleto ++;   
				 data_venc = data_venc.addMonths(1);    
				 Contratacao__c[] Contratos = Trigger.new;
				 if (Contratos[0].Status_do_Contrato__c == 'Emitir Boletos') 
				    { 
				      Faturamento__c Billing = mapExisting.get(); // Record comparision and get the record. 
				      if(Billing != null){
				      	//Do your logic
				      }
				      lst.add(Billing); 			      
				     }
				 }  
				 
				 if(!lst.isEmpty())
				 	update lst;
			}
			
		}
}